Mysteerikoulussa on kyse oppiainerajoja rikkovista ja laaja-alaisista (esim. yrittäjyyskasvatus) oppisisällöistä, joissa oppilaita osallistetaan ja ohjataan toimimaan aktiivisena tiedonhankkijana ja tiedon jäsentelijänä. Oppimiskokonaisuudet ovat verkossa oppimispolkuina, jotka noudattelevat soveltaen tutkivan oppimisen vaiheita.Oppimispolkujen varrella on myös itse- ja vertaisarviointiin liittyviä tehtäviä. Oppimispoluilla on lisäksi ongelmanratkaisutaitoja kehittäviä ja vaativia mysteereitä.

Opetushallituksen tukeman Mysteerikoulu-hankkeen yhteydessä on toteutettu Ylöjärven koulujen Chromebook- ja G Suite for Education -pilotti, jossa hankkeeseen osallistuvien luokkien oppilailla on henkilökohtaiset laitteet. Hankkeessa on kehitetty 3D-tekniikkaan liittyvää tekniikkaa ja yritysyhteistyötä. Tutkimuskumppanina on Tampereen Yliopiston TRIM-tutkimuskeskus, joka tutkii oppilaiden tiedonhankintataitojen kehittymistä.